圣约翰学院的前身是建立于1696年的威廉国王学院，当时还是一所预科学校。1784年，学院正式成为获准成为大学本科学院。从1937年开始，学校一直沿用一种独特的教学制度，称作“巨作”（Great Books）制度。这个制度规定，学校的教学必须建立在对西方伟大的哲学和文学著作的讨论之上。1964年，圣约翰学院的圣塔菲校区正式成立。
圣约翰学院教学制度
巨作（Great Books）教学制度首先是由芝加哥大学的Stringfellow Barr, Scott Buchanan, Robert Hutchins和 Mortimer Adler等人在20世纪三十年代中期发展起来的。这种制度被作为当时激烈变革的本科教学制度的一种备选制度。1937年，圣约翰学院在面对可能的财政和教学溃败时，采纳了这种制度。现今的‘巨作’制度很大程度上受到了上世纪四五十年代时期学校校长雅各布·克莱恩的影响。据云学教育集团介绍，这种四年的大学制度强制学生阅读和探讨众多对西方文明产生显著影响的学者的原始著作。内容涉及哲学，神学，数学，自然科学，音乐，诗歌还有文学。
不像美国大多大学那样，圣约翰并没有现代课本，没有老师授课，甚至没有考试。虽然传统的A到F的评分方式仍被沿用，但学校并不重视学术等级，而学术等级也只有当学生要求时才会公布。等级评定很大程度上建立在课堂参与和研究论文之上。辅导员，即圣约翰的教授的称呼，在课堂中并不像多数大学一样扮演‘演讲者’ 的作用，而是辅助课堂讨论的进行。但是情况也可能因为课程和教员而有所不同。
圣约翰学院奖学金
圣约翰承诺 圣约翰学院为使学生专心学习，不为学费而烦恼，特设奖学金，助学金和其他形式的援助。学院设有优秀奖学金，所有被录取的学生都可以申请，申请过程中，如有疑问可以到财政援助办公室咨询。此外，70％的学生都会受到学习的财政援助。
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